اتهامات وی اقدام علیه نظام و هواداری از سازمان مجاهدین خلق بوده است.
دببرخانه شورای ملی مقامت روز ۲۸ مرداد طی اطلاعیه یی خبر داد:
زندانی سیاسی مهران قره‌باغی در زندان شیبان اهواز در روزهای اخیر به کرونا مبتلا شده، وضعيت او بحراني است و و زندگی اش در خطر است، اما دژخیمان از انتقال او به بیمارستان خودداری می‌کنند. سایر زندانیان سه روز او را به درمانگاه زندان بردند ولی نه پزشکی در کار است و نه امکاناتی برای معالجه. مهران قره باغی که از سال ۹۸ در زندان بسر می‌برد بدلیل شکنجه و شرایط زیستی فاجعه بار زندان از بیماری قلبی و بیماری پوستی نیز رنج می‌برد. وزارت اطلاعات مستمراً او را تحت‌فشار قرار می‌دهد که اگر علیه مجاهدین همکاری نکند اعدام خواهد شد.
